FTP performance

I have to transfer more than a million files from Window server to AS400 
directory. Copy via Netserver was able to transfer only 100k of file in 5 days, 
so we stopped it. I think this is FTPs job.
Is there any difference (from performance point of view) if I will make a "GET" 
using FTP client on AS400 or better to start client on Windows and make "PUT" 
operation?

Thanks,

Dmitri




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